La faune des eaux

- Vertébrés

On trouve la truite fario (Salmo trutta L.) sur la partie haute des cours de la Semène et de ses affluents puis, en aval du barrage des Plats, comme sur les parties basses des affluents, la loche (Barbatula barbatula L.), le vairon (Phoxinus phoxinus L.), le goujon (Gobio gobio L.).

Truite fario

Loches franches

Vairons

- Invertébrés

En quelques rares endroits on peut trouver l'écrevisse à pieds blancs (Austropotamobius pallipes). Cette espèce menacée est protégée ainsi que son habitat. La population est en régression à cause de la dégradation de la qualité des eaux, de l'altération de l'habitat et des épizooties.
On y trouverait aussi la moule perlière (Margaritifera margaritifera L.), espèce protégée.

À la surface de l'eau, on trouve des Gerris (insectes hémiptères) :

Les petits invertébrés benthiques (qui vivent sur le fond) peuvent servir à apprécier la qualité des eaux, voir l'IBGN.

Larve d'éphémère (insecte, famille des Heptageniidae)	Autre larve d'éphémère (insecte, famille des Baetidae)
Trichoptère à fourreau (insecte)	Larve de trichoptère (insecte, famille des Rhyacophilidae)
Gammare (crustacé du genre Gammarus)	Sangsue (ver annélide du genre Hirudo)

Ancyle (mollusque, Ancylus fluviatilis)